Доброго дня! Сейчас попробую объяснить, что хочется получить.
Вариант 1: в настройках формы публикации указываю ID родительской категории. В форме появляются все дочерние категории и это здорово (пример: категория А - подкатегория А-1, подкатегория А-2 и т.д.).
Проблема: выбираю я одну из подкатегорий - запись присваивается этой подкатегории и родительской категории (стоят галочки). Тоже вроде правильно, НО, в таком случае было бы правильно указывать дочернюю подкатегорию первичной (http://prntscr.com/gax6vc) или не ставить галочку на родительскую категорию (так как WP в любом случае свяжет запись с ней).
Из-за этого все записи дублируются по адресам site.ru/category-a/post.html и site.ru/category-a/podcategory-a1/post.html. Казалось бы атрибут canonical решает эту проблему указывая везде линк site.ru/category-a/post.html, но есть и другие неудобства. Во многих шаблонах вывод похожих записей формируется на основе категории (и конкретно подкатегории, если она есть). Получается что в записе по адресу site.ru/category-a/post.html (которая, я напомню, привязана к подкатегории А-1) в похожих записях появляются посты из подкатегорий А-2, А-3 и т.д.
Если взять голый WP и указать записи только подкатегорию (без выбора родительской категории), то при попытке перейти по адресу site.ru/category-a/post.html WP сделает правильный редирект на site.ru/category-a/podcategory-a1/post.html.
Также урл вида site.ru/category-a/podcategory-a1/post.html позволяет поисковым роботам выстроить более четкую структуру сайта. К тому же ботам не надо сканировать разные адреса с одним и тем же контентом (хоть и с canonical), что также дает свои плюсы.
Вариант 2: в настройках формы публикации указываю все дочерние подкатегории, за исключением родительской категории.
В таком случае записи также присваиваются и категории и подкатегории, но по каноническому адресу site.ru/category-a/post.html не выводиться подкатегория даже в хлебных крошках.
Резюмирую: оптимальным вариантом было бы, если бы не отмечалась галочкой основная категория или если бы дочерняя категория отмечалась как основная.