Как сделать, чтобы файлы в личной переписке не удалялись?

А когда они удаляются? Залил архив в ЛС, скачал. Файл в переписке так и лежит.

Вы по какому дополнению речь ведете? На сегодняшний момент есть старые лс (private message аддон), есть новый - реколлчат (Rcl Chat). Создали бы тему в нужном форуме - вопросов бы не было.

Но в настройках пропала настройка оповещения на емаил о новых сообщениях. Подскажите, пожалуйста, где эту настройку можно найти?

нигде. Письма непрочитанных сообщений отправляются все так же раз в час.

И можно или сделать так, чтобы я мог отправить файл без обязательного написания сообщения?

нет. На данный момент надо хоть что-то написать

чтобы все сообщения сразу так же приходили на почту?

Как "так же"?

ок. Представим ситуацию - ЛС отправлено, собеседник в чате, но на почту ему все равно придет письмо - т.к. вначале личное сообщение имеет статус непрочитанного. Не думаю что ваши клиенты будут рады такому раскладу. и если активно пользуются перепиской - ваша почта может попасть в спам фильтр у клиентов - т.к. будет бомбить новыми письмами.
Ну а по теме - правьте тогда дополнение RCL Chat actions_cron.php

в аддоне чата scripts.js

    if(!message_text.length){
        rcl_notice('Напишите что-нибудь','error',10000);
        return false;
    }

upd: но при этом юзеры смогут отправлять пустые сообщения. Я другого метода не нашел.